BioNet: моделирование масс-спектров пептидов

Аннотация

Определение белкового состава живой клетки (протеома) - одна из важнейших задач современной биологии. Универсальным инструментом для исследования протеома является масс-спектроскопия. Расшифровка масс-спектров является сложной задачей, так как не до конца известны механизмы диссоциации белков в экспериментальных установках, а также влияние совокупности внешних факторов на данный процесс. Для совершенствования существующих или разработки новых алгоритмов расшифровки масс-спектров требуется большое количество данных по аннотированным масс-спектрам пептидов с известной последовательностью. В статье описана разработка алгоритма in silico моделирования масс-спектра пептидов, решающего проблему учета влияния неканонического аминокислотного состава и посттрансляционных модификаций на процесс диссоциации. Для проверки работоспособности построенного алгоритма проведено сравнение его эффективности с аналогами. Показано, что точность предложенного метода выше, особенно для пептидов, подверженных посттрансляционным модификациям.