Рассмотрена проблема выявления генетического сходства при анализе баз данных (БД) геномов организмов. Такая проблема возникает с развитием методов метагеномики, сравнительной геномики, технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК, а также инструментов оценки и прогнозирования состояния экосистем. Для быстрого сравнения геномов с целью выявления повторяющихся наборов нуклеотидов разработана специализированная компьютерная система. Из-за большого объема данных, возникающих при обработке исходной информации, осуществлен переход к нереляционным БД, как к более гибким и масштабируемым. В качестве основы подхода использованы распределенная нереляционная БД MongoDB и алгоритм обработки данных Winnowing. При использовании нереляционной БД для выявления генетического сходства предложен вариант представления отпечатков структурных вариаций геномов в виде «ключ - значение». Выполнена программная реализация разработанной модели. Проведены вычислительные эксперименты: 1) загрузка данных в БД с использованием одной и трех шард (серверов, где хранятся данные и осуществляются поиск и обработка информации); 2) поиск совпадений выбранных наборов нуклеотидов с БД геномов с использованием одной и трех шард; 3) расчет скорости поиска геномовв БД; 4) расчет скорости загрузки геномов в БД. Результатом экспериментов стало подтверждение возможности использования предложенного способа поиска генетического сходства. Продолжение работы может быть в направлениях: 1) решения задачи об определении момента, когда необходимо добавлять узел к кластеру при возрастании рассматриваемого количества выбранных наборов нуклеотидов и увеличении числа геномов в БД организмов; 2) практического наполнения создаваемой БД как можно большим количеством реальных геномов организмов; 3) исследования геномных нарушений с целью оценки вероятности генетических отклонений на этапе распознавания потенциально возможного неблагоприятного развития организма.
The problem of rapid detection of genetic similarity in the analysis of databases (DB) of genomes of individuals of ecosystems at various levels is considered. The distributed non-relational DB MongoDB and the Winnowing data processing algorithm are used as the basis for creating the information system. Using a non-relational database to identify genetic similarity, a variant of representing the prints of the structural variations of the genomes in the form of «key-value» was proposed, a program implementation of the developed model was carried out, and computational experiments were carried out, which confirmed the possibility of using the proposed method of genetic similarity search, for example, in a personified analysis of deviations in the gene level.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.